Der 59-jährige Bischof war Anfang 2022 von einem Gericht in Kerala in einer Anklage wegen mutmaßlicher Vergewaltigung wegen fehlender Beweise freigesprochen worden. Mulakkal wurde beschuldigt, zwischen 2014 und 2016 wiederholt eine Ordensfrau in einem Kloster in Kerala vergewaltigt zu haben.
Im vergangenen Februar traf Papst Franziskus Mulakkal zu einem Gespräch im Vatikan. Dabei soll der indische Bischof nach eigener Aussage den Papst über sein Rücktrittsgesuch informiert haben. Die Audienz wurde unter anderem vom katholischen Forum „Sisters in Solidarity“ (SIS) kritisiert. Sowohl der Bundesstaat Kerala wie auch die klagende Ordensfrau hätten Berufung gegen den Freispruch für den Bischof eingelegt, hieß es damals. Der Fall sei noch nicht vorbei.
Vertuschungsvorwürfe
Der Fall schlug in Indien hohe Wellen. Das mutmaßliche Opfer und fünf weitere Ordensfrauen warfen der Kirche in Kerala, der Indischen Bischofskonferenz sowie dem Vatikan vor, die Augen vor dem Vergewaltigungsvorwurf zu verschließen.
Zahlreiche katholische Priester und Ordensleute schlossen sich einem weltweiten Aufruf zur Suspendierung des Bischofs von allen kirchlichen Aufgaben an. Nach Bekanntwerden der Vorwürfe hatte Mulakkal ab Herbst 2018 sein Bischofsamt ruhen lassen. Der Papst ernannte für die Diözese Jalandhar einen Apostolischen Administrator als Übergangsleiter.